Изменить механизм финансирования поручил президент России Владимир Путин. Фундаментальные и поисковые исследования больше не будут финансироваться за счет федеральных целевых программ. Гранты станут основным источником средств. Ответственным за выполнение поручения назначен премьер-министр Дмитрий Медведев. Правительству поручено представить поправки, предусматривающие, что руководители научных организаций будут занимать свои посты на тех же условиях, что и руководители вузов. Медведеву поручено до 1 апреля представить предложения об оптимизации системы формирования государственного задания на выполнение работ в сфере науки, в том числе о формировании госзадания на конкурсной основе.

   В декабре 2013 года прошло заседание Совета по науке и образованию, на котором Путин заявил, что подходы, прописанные в ФЦП и «заточенные» на проведение прикладных работ, «явно не годятся» для финансирования фундаментальных исследований.